Nhiều thế kỷ qua, sự sinh sôi và phát triển mạnh của hệ thực vật trong các cánh rừng nhiệt đới đã góp phần che giấu những kiến trúc cổ nơi đây. Vào năm 1814, một mảng của khu rừng nhiệt đới đã bị thiêu rụi, nhờ đó mà một nhà thám hiểm người Anh đã khám phá ra một khu kim tự tháp bí ẩn nằm trên nền đất hoang sơ. Người dân địa phương gọi công trình kiến trúc thần bí này là Borobudur. Đền Borobudur gồm 5 nền đá bậc thang có diện tích 120 mét vuông với kết cấu 4 cạnh vuông vức, có rất nhiều tượng phật được chạm trổ khắp nơi trên tháp.

Con đường hành lang xung quanh dẫn lên các tòa tháp có độ dài lên đến 5 cây số. Qua kết quả nghiên cứu, các nhà khoa học đưa ra kết luận, đền Borobudur do các vị vua Java kế tiếp nhau xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ VIII và thế kỷ thứ IX. Tuy nhiên, mục đích của việc xây dựng ngôi đền này đến nay vẫn còn là điều bí ẩn. Nhiều người đã đưa ra giả thuyết rằng đền Borobudur là hiện thân của Mã-dà-la, có nghĩa là Bánh xe luân hồi theo quan niệm của đạo Phật.

Một phát hiện quan trọng vào năm 1885 đã giúp các nhà khoa học lý giải một số giả thuyết về ngôi đền Borobudur. Người ta tìm thấy rất nhiều hình ảnh và chữ viết khắc trên vách đá ẩn giấu bên trong công trình kiến trúc này. Đó là những chữ viết của người Java cổ với hình vẽ những gương mặt đáng sợ. Nó thể hiện lòng tham và dục vọng đang tồn tại trong lòng con người.

Phát hiện này góp phần đưa ra ánh sáng về bí ẩn của lối kiến trúc đền Borobudur. Người ta cho rằng ngôi đền là đại diện cho 3 thế giới trong đạo Phật. Giới thấp nhất dưới cùng là Dục giáo. Một khi con người chế tạo được dục vọng, ham muốn thì họ sẽ được bước vào thế giới cao hơn: Sắc giới. Mục đích cuối cùng mà các tín đồ Phật giáo muốn hướng đến là Vô sắc giới.

Hướng lên phía trên dọc theo hành lang, chúng ta sẽ đến nơi được gọi là Pháp giới, nơi đây vẫn còn lưu lại những hình ảnh chạm trổ theo giáo lý của đạo Phật.

Những bức vẽ thể hiện cảnh Đức Phật ngồi thiền, các cô gái do thế lực xấu Mara Thiên ma giả dạng đang cố cám dỗ Ngài. Đó là thể hiện sự đánh lừa của cảm giác, tuy nhiên, Đức Phật vẫn điềm tĩnh thiền.

Lên trên cùng, chúng ta sẽ gặp các cánh cổng dẫn đến Niết Bàn, đạt đến cảnh giới ra khỏi vòng luân hồi sinh tử. Bước vào bên trong là hàng loạt những tháp được gọi là Stupa. Có tất cả 72 Stupa được sắp xếp thành nhiều hàng kế tiếp nhau. Qua lỗ hỗng của các Stupa, chúng ta sẽ nhìn thấy một Đức Phật ngồi trầm mặc như chào đón người tu khổ hạnh đến với vùng đất linh thiêng.

Ngay giữa trung tâm của Borobudur hiện ra ngọn tháp Stupa cao 10 mét. Các nhà khoa học cho rằng ngọn tháp này muốn nhắn gửi những thông điệp gì đó, tuy nhiên nó vẫn còn nhiều bí ẩn vì bên trong đó, con người không thể nhìn thấy được gì.