Một thực tế ô nhiễm đáng lo ngại khác đang diễn ra tại tỉnh Phú Yên, đó là ô nhiễm thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) tại vùng trồng hoa tết. Thực tế thì việc người dân trồng hoa sử dụng thuốc bảo vệ thực vật là chuyện rất bình thường. Tuy nhiên, điều mà người dân ở Phú Yên lo lắng là có nhiều diện tích trồng hoa nằm giữa khu dân cư, nên mỗi khi có ai đó xịt thuốc BVTV, trừ sâu thì cả khu dân cư đều nơm nớp lo lắng.